李自成将河南、山东一带的大顺军主力撤回，全力防守西安一线，这使得大顺政权在这些地方的兵力更加空虚，平西王吴三桂率领三万关宁军，不到一个月时间，不费吹灰之力就收复北直隶的河间府、大名府、景州、冀州、沧州、吴桥、故城、武邑、交河、献县、武强、东光、饶阳、衡水、清河、曲周等共四十三个州县。
大顺政权原已遍设官员的河南中原地区，也因为大顺军主力的西撤四分五裂，吴三桂的关宁军又很快攫取了河南黄河以北的怀庆、彰德、卫辉三府。
归德府知府桑开第得到大顺军在居庸关和山西战败的消息，立即联系原崇祯朝督师丁启睿的弟弟丁启光发动叛乱，逮捕了大顺政权归德府的同知，还抓了商丘、柘城、鹿邑、宁陵、考城、夏邑县令，并将这些伪官立即解送京城向朝廷献俘邀赏。
丞相吴应熊让明帝朱慈烺下旨重赏桑开第、丁启光，加封丁启睿为左都督，总督河南，负责劝农、剿寇事务。
吴应熊的重赏起到了示范效应，大明河南援剿总兵许定国也纠集一批散兵游勇占领睢州一带，“愤张旗帜直书：‘杀贼报仇’四字”，“擒伪官十余人”，颠覆许州一带的大顺政权，投降了吴三桂。
很快，吴三桂的关宁军就收复中原，基本控制了黄河以北地区。这一带当时是大明的粮仓，农业人口众多，吴应熊将藩王的土地都分给了老百姓，还派人将一些土豆种子送到了当地播种，河南一带局势迅速稳定下来。
这时，吴应熊传来消息，说原山东总兵刘泽清生乱，他率军占据了山东大部分地区，割据一方，胆大妄为，吴三桂便亲率关宁军主力部队前往山东。
刘泽清，字鹤洲，山东曹县人，军人出身，崇祯末年升至山东总兵。李自成的农民军迫近北京时，崇祯皇帝命他率部火速入卫京师，本来山东离京城比较近，他却假称自己从马上摔下来受了伤，拒不奉诏。朝廷命令他赴保定协助剿贼，他不听从命令，每天在临清纵兵抢劫。
不久大顺军进入山东，他带领主力向南逃至淮安，所过之处都被他烧光、抢光了。在农民军声势大振的情况下，给事中韩如愈、马嘉植都谋求奉命到南方来，韩如愈曾经弹劾过刘泽清，韩如愈经过东昌时，刘泽清就派人在路上杀死了他，也没人敢把这事报告给朝廷知道。
崇祯皇帝朱由检上吊自尽，刘泽清等立即拥立福王朱由菘登基，被封为东平伯。刘泽清是个狡猾的投机分子，看到李自成将山东的主力调走，福王朱由菘放弃了监国，他又趁机率军回到山东，想做一个拥兵自重的割据军阀。
当时，山东德州乡绅复明也很积极主动，明朝御史卢世、赵继鼎、主事程先贞、大学士谢升之弟生员谢陛发动叛乱，推举逃难到该地的明宗室庆藩奉国中尉、香河知县朱帅为盟主，假称济王，号召远近复明。山东的许多地方官绅群起响应，不到一个月就占领了山东省德州、省会济南府、东昌府、青州府、临清州、武定州、高唐州、滨州、海丰、蒲台、沾化、莱芜、陵县、乐陵、利津、济阳、商河、齐东、乐安、朝城、恩县、平原、德平、临邑、禹城、阳信、武城、宁津。
朱帅在明朝宗室内的地位很低，只是由于原封在山东境内的鲁王、德王、衡王不是南逃就是被大顺军俘获，找不到合适人选，就被推为“济王”，作为复明的号召。
朱帅发布檄文说：“不佞派居天裔，义切君亲，适税驾于德城，快凶流之正罪，谬当推戴，统众专征……闻吾君犹存六尺之孤，况寰宇不止一成之藉。”
朱帅的意图是要恢复明朝，在明室“天位未定”之际权宜设官置吏，以待“匡复”，他自己只是“统众专征”，并没有用监国以上的名义，朱帅和他的拥戴者仅限于为即将继统的明朝新君从大顺政权手中“收复失地”而已。
山东总兵刘泽清率军回到了济南，三万大军一到，当时兵荒马乱，消息传得慢，太子朱慈烺还未回到京城，济王朱帅的地位远不如福王，他立即解散了的部众，拜表献城归复南明。
“好，算你们识时务！”刘泽清就这样又回到了济南城。
吴三桂拥立明太子朱慈烺后，刘泽清贪功，还觊觎朱帅的部队，竟然将济王朱帅、卢世、赵继鼎、程先贞、谢陛等人骗到军营里杀了，然后谎称是自己率军收复了山东的地盘，还收编了朱帅的六七万人马，号称拥兵十万，占据山东，然后上表朝廷，请封自己为“镇东王”。
谢陛所部两千人大都是谢氏族人和乡亲，他们不服，刘泽清竟然一狠心，将这二千人全部屠杀，没有漏掉一个人。一时间，济南城里血流成河，当地百姓也人心惶惶。
大学士谢升得知自己的弟弟谢陛和族人被刘泽清所杀，痛哭流涕，上表弹劾刘泽清：“刘泽清此人猪狗不如，不杀不足以平民愤！”
“刘泽清该死！”吴应熊对谢升说：“如若你说的属实，刘泽清该千刀万剐，本丞相自会查明真相，还你弟弟和族人一个公道。”
谢升说：“句句属实，还请丞相为我作主。”
吴应熊怒不可遏，觉得刘泽清这人过于阴狠惨毒，而且拥兵自重，野心不小，便派人送信给吴三桂，请他率关宁军去接管山东，并对刘泽清加以提防。此时，为了防止刘泽清投降满清，吴应熊还不能公开和他翻脸。
济南，山