袁崇焕杀了毛文龙后，却并没能控制皮岛。他不了解毛文龙和部下的关系，他们绝非上下级那么简单。在毛文龙的部下看来，袁崇焕杀的不是一个犯错的上级，而是为他们着想的干爹和大哥。虽说袁崇焕杀了毛文龙后，按时发给军饷，但袁崇焕切断了走私的途径，那点军饷岂能和暴利的走私相比？所以没过多久，皮岛就发生哗变，一部分人叛逃后金，一部分人离岛流窜成了海盗，以致解除了皇太极的后顾之忧。后来皇太极又使出离间计，袁崇焕最终被先帝冤杀。
朱慈烺说：“袁崇焕冤死，朕也听说了。为何丞相不为袁崇焕平反，而急于要为孙元化平反？后来，孙元化怎么样了？”
吴应熊说：“为孙元化平反，比为袁崇焕平反要重要得多，且听臣慢慢道来。袁崇焕是将才，孙元化则是专业人才，十分难得，一个专才运用得当，能抵得上十个将才。”